La obtención del biodiesel se basa en la reacción con metanol o etanol (transesterificación) de las moléculas de triglicéridos para producir ésteres. De esta manera se consigue que, las moléculas grandes y ramificadas iniciales, de elevada viscosidad y alta proporción de carbono, se transformen en otras de cadena lineal, pequeñas, con menor viscosidad y porcentaje de carbono y de características físico-químicas y energéticas similares al gasóleo de automoción. El biodiesel pueden utilizarse como único combustible o en mezclas con el gasóleo sin efectuar ninguna modificación en el motor.
La reacción de transesterificación es la siguiente:
Mecanismo:
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